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Cy5是一种发远红(far-red)荧光的花青素荧光染料。它的消光系数很高，荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用633nm或647nm的激光束激发然后用Cy5或APC滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。Cy5荧光落在远红光区，使用Cy5或者其它远红光染料的一个重要优势是在这个长波长光谱范围内样品背景荧光较低，而在这个区域CCD相机/检测器检测灵敏度最高。Cy5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。

马来酰亚胺(maleimide)是生物标记反应中常用的基团，它可以和巯基(-SH)通过亲和加成反应生成稳定的巯醚(thioester)结构从而实现标记。尽管胺基(比如赖氨酸精氨酸侧链)也有亲和性，但在中性或微酸性缓冲液中，马来酰亚胺选择性标记巯基(反应速度比胺基快>1000倍)。标记反应反应迅速，选择性高，产率好，另外，巯基是一种在生物分子中广泛存在的官能团，比如蛋白中的半胱氨酸(cysteine)和双硫键等，因此马来酰亚胺/巯基(maleimide/thiol)标记已成为仅次于NHS/胺基标记的最常用生物连接反应(bioconjugation)。

Cy5-马来酰亚胺的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即磺化Cy5-马来酰亚胺(D10042)。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。

Cy5-马来酰亚胺标记后的产物Ex/Em是640/664nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 647，DyLight 649，ATTO 647等。

CAS号	1437796-65-0
分子式	C38H45ClN4O3
分子量	641.24
结构式
光谱特性	Ex/Em＝640/664nm (PBS缓冲液)
消光系数	250000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.2
外观	深蓝色固体
溶解性	易溶于甲醇，DMF等有机溶剂，微溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Cy5-马来酰亚胺水溶性较低，标记反应可在有机溶剂中进行或者含有机助溶剂的水相中进行。
  
• 天然生物分子中巯基一般于氧化状态(如双硫键)存在，在马来酰亚胺标记前，务必用还原剂(如DTT，TCEP)活化巯基并除去多余还原剂。
  
• 马来酰亚胺也可以和叠氮化合物反应，应避免叠氮官能团。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。